觉醒系统是战斗的核心机制之一，通过触发觉醒状态，角色将获得显著的属性提升和技能变化。觉醒分为普通觉醒和真觉醒两种类型，普通觉醒通过持续制造查克拉触发，而真觉醒则需要长按特定按键1-2秒。觉醒状态下，角色的攻击力、防御力及忍术效果均会增强，部分角色的招式会完全改变，甚至获得全新的觉醒技。需觉醒期间无法使用奥义和援护，但忍术的威力与范围往往得到质的飞跃。
例如尾兽人柱力类角色（如鸣人、我爱罗）在真觉醒后会变身为完全尾兽形态，忍术统一变为尾兽炮，攻击范围与伤害大幅提升；而体术型角色（如李洛克、凯）则通过觉醒强化连击速度与忍术判定范围。部分特殊角色如鼬在觉醒后能释放须佐能乎的八尺琼勾玉，长门可获得修罗道导弹等原作中的高阶技能。咒印系角色（如佐助）进入觉醒状态后会自动激活咒印形态，攻速与暴击率显著提升。
觉醒的战术价值体现在对战局的瞬时扭转能力。真觉醒虽然会消耗大量查克拉且结束后角色能力短暂下降，但爆发期间可快速压制对手血量。合理利用觉醒状态下的新增技能（如二代土影的尘遁横扫、佩恩的万象天引）能有效打破僵局。部分觉醒技还附带特殊效果，例如仙人兜的蜘蛛粘弓可限制对手移动，香磷的觉醒忍术则能扩大攻击范围形成控场优势。觉醒时机需结合查克拉管理与血量评估，避免在劣势状态下盲目触发。
觉醒系统的深度还体现在角色专属机制上。例如百豪樱通过特定连招触发觉醒后，可在20秒内获得高额伤害加成与回血效果；而秽土转生角色如鼬在觉醒后保留原技能的同时，新增的八尺勾玉具备远程压制能力。开发团队为每个可觉醒角色设计了符合原作设定的强化方向，从视觉表现到实战反馈均体现出差异化设计。
掌握觉醒系统需熟悉三个关键点：一是角色觉醒条件（残血触发或随时触发），二是觉醒后的技能变化（通过训练模式逐一测试），三是觉醒状态的持续时间与冷却惩罚。高阶玩家可通过预存查克拉、连招衔接觉醒技等方式最大化输出效率。锦标赛模式中觉醒球与终极球的拾取机制进一步增加了战术变数，需根据对战场景灵活调整策略。
