要穿越名为水之迷宫的复杂水路，需要首先准备好必要的秘传机器和宝可梦技能。这类迷宫通常以错综复杂的水路和小岛构成，探索的核心前提是确保队伍中拥有掌握冲浪技能的宝可梦，因为这是在水面上移动的唯一方式。在出发前，建议为队伍备足恢复道具，例如伤药和解毒药，并合理配置能够应对水系与毒系野生宝可梦的队伍属性，以降低探索过程中的战斗消耗。
游戏中的水之迷宫可能关联着前往不同区域的水路。其中一个关键路径是从海神岩向南出发，使用冲浪技能穿越一段开放水域，最终可以抵达羽毛市。这段水路本身即是一个需要谨慎规划的移动过程，确保方向正确即可顺利到达。而另一处更为典型的迷宫位于六之岛，玩家在获得彩虹通行证后，需前往一之岛的港口搭乘渡轮方可抵达。登岛后所进入的区域便被直接称为水道迷宫，其内部结构复杂，需要玩家利用冲浪技能在交织的水路中反复穿梭以寻找正确路径。
成功穿越水道迷宫不仅依赖于冲浪技能，还需要玩家具备耐心与细致的观察。迷宫内部往往隐藏着稀有道具与宝可梦，因此探索时不应急于求成，而应系统性地梳理各个分支路线。部分水路可能被岩石或树木等障碍阻挡，这意味着队伍中最好还同时配备掌握碎岩或居合斩等秘传技能的宝可梦。在探索如六之岛水道迷宫这类复杂区域时，如果感到迷失方向，重新退回至某个明显参照点或迷宫入口，再规划新的路线是可行的策略。整个过程重在逻辑性地推进，并时刻留意水面与岛屿边缘可能存在的通路线索。
